GUBERNA wordt geleid door het Management Committee en het voltallige team, en wordt ondersteund door een toegewijde raad van bestuur en de welgewaardeerde input van drie bredere adviesorganen.
Onder het voorzitterschap van Luc Bertrand komt de Board of Trustees jaarlijks bijeen om na te denken over de toekomst van de GUBERNA lidmaatschappen en partnerships.
De Alumni Council komt vier keer per jaar bijeen onder het voorzitterschap van Jo Benoit om te reflecteren over het opleidingsaanbod van GUBERNA en de werking van het Alumni-netwerk.
GUBERNA wordt bijgestaan door de Academic Council die als klankbord fungeert en bestaat uit academici die actief zijn in specifieke disciplines van governance-gerelateerd onderzoek en onderwijs in België.